原标题：许兴国：一手菌群，一手肿瘤免疫，Ion Torrent 在进化！
编者按：
本文是 Thermo Fisher 基因科学与临床测序部大中华区出售高档总监许兴国先生在2019年5月5日我国肠道工业大会讲演的图文实录，今日咱们特别共享给咱们。
检查讲演视频，请长按下方二维码：
以下是图文实录内容：
主持人，各位同路，各位教师，咱们好。我是许兴国，Thermo Fisher 科技我国在基因科学与临床测序大中华区的出售高档总监。很快乐今日有这个时机，到这个当地跟咱们一同讨论有关肠道的一些很风趣的故事。
我今日跟咱们共享的标题是：见“微”知“组”——Ion Torrent 助力微生物组及免疫组库的研讨。
肠道微生物的研讨，这几年来一向都是十分大的一个研讨抢手。
许多的研讨都提醒了肠道微生物跟多种疾病相关，特别是肿瘤。关于肿瘤研讨来说，这几年，肿瘤的免疫医治是一个十分抢手的研讨范畴。到现在为止，在全我国至少有超越800家以上的免疫医治的研讨单位跟公司。
在2017到2018年两年之间，连续有十分多这方面的相关研讨在《Science》、《Cancer Therapy》上宣布。肠道微生物跟免疫医治的作用事实上是十分休戚相关的，其间也包含了免疫相关的不良事情。
为了更好地了解肠道微生物跟免疫组库的一些影响，所以咱们需求更多的研讨，咱们需求更多透过多生物的符号物这样的研讨计划来提醒谜底。
在过去呢，咱们关于肠道微生物只知其然不知其所以然，肠道微生物，林林总总的微生物十分的杂乱，而咱们关于它们就像所谓的井蛙之见，咱们只知道一点点的面相。
当然，仰赖于这几年十分十分多的分子生物学的技能进步，所以咱们在这里说，多生物符号物的研讨计划，就凭借了分子生物学的一些展开，让咱们的研讨者不再井蛙之见。
结合现在的肠道微生物跟免疫组库的一些研讨，咱们就可以见“微”知“组”，也便是咱们看到微生物，不再是看到一个一个的微生物，而是看到整个组学，直通谜底。
那咱们现在谈谈这个肠道微生物吧。从肠道微生物的研讨来讲，为什么咱们需求所谓的多生物符号物这样的一个研讨方向？
由于整个多生物符号物的研讨方向，可以让咱们知道整个在微生物菌群里边，哪些科、属、种，乃至到所谓的菌株，构成了整个肠道的微生物生态环境，也让研讨者可以知道这些微生物它特别关于抗生素的这些耐药性以及敏感性的一些特性。
就像上面咱们看到的这张图，这是一个结核分枝杆菌的一切 SNP 的一个图谱。从这个基因图谱的序列图可以看到，蓝色的这个区域这些 SNP，便是跟抗生素耐药相关的一些 SNP 的位点。
一同，在这样的一个剖析里边，可以让咱们探求它跟整个人体免疫体系之间的相关性。
为了到达这样的意图，咱们就必须要一个测序精确，并且测序读长较长的试验研讨渠道，一个这样的 NGS 渠道。什么样的 NGS 渠道可以一同契合所谓的测序精确，以及测序读长较长呢？
Thermo Fisher Scientific 的 Ion AmpliSeq 这样的一个技能，是根据超高多重 PCR 的靶向捕获技能。
这个技能可以让运用者用十分低的，低到10ng 的 DNA 跟 RNA 这样少数的样本，就可以展开一切相关的研讨。
而咱们有十分多的商业试剂盒，一切的引物呢都通过十分多的试验优化，并且可以规划相对比较长的一些扩增子。
这些特色可以让咱们的运用者透过靶向测序这样的一个办法，把他们研讨范畴，特别是存在测序难度的区域，以及低丰度的序列信息，可以透过这样的一个技能渠道得到改进。
关于肠道微生物的研讨来说，Ion AmpliSeqT 技能也供给了一个规划十分谨慎的 panel，比如说咱们的16s 高变区的试剂盒，可以协助研讨者在肠道微生物研讨里边得到更多消息。
在这里跟各位共享一个文献。各位都知道，在自然界一切的微生物它不会是单一存在的，一般都有十分杂乱的微生物体系。这是一个来自加州大学的研讨，看左面的这个图，咱们的运用者从自然界找了9种最常见的微生物。
咱们运用两个办法来做比对试验，第一个办法，咱们是把每一个单一的微生物，先做 DNA 萃取，做菌株的16s V4高变异区的扩增，然后再把一切的扩增子集合之后去做测序。
别的一个办法，是把9种萃取完 DNA 的样品悉数混合之后，再去做16s V4高变区的扩增，然后再做测序。两个办法去模仿更多的这个情况。
仪器渠道一共挑选了两个，一个是 Thermo Fisher Ion Torrent 的 PGN，别的一个是十分值得尊敬的友厂的仪器。
那咱们看右边的这个成果，这是一个十分风趣的成果。咱们刚说过了这是一个9个微生物混样测出来的成果。
你看到绿色的部分，用 Ion Torrent 渠道测出来的便是绿色的这个区域，它更可以实在地反映一切样品的情况，也便是它找出来的微生物其实比本来实践的9种略微多一点点。
可是你看到赤色的这个区域，不管是单边读长或是双方读长，它跑出来的这个数据高达100多个。也就说，咱们这样的一个测序渠道，即使都是所谓咱们以为十分优异的 NGS 渠道，在这样的一个微生物混样的检测进程傍边，事实上会有很不同的成果。
所以这个专家最终做了一个定论，便是无论是 gDNA 的混样规范品，仍是 PCR 扩增子混样的规范品，Ion Torrent 测序都可以带来更为精准的剖析成果。
这是加州大学的一个定论，所以这便是测序的精确性，特别是在所谓的 SMP 级的测序精确性，关于微生物组学研讨来说，是十分十分重要的。
方才讲了一些微生物的一些研讨计划，咱们刚刚说到别的一个很值得咱们去留意的，是所谓的免疫相关的研讨。
咱们来看一下免疫组库这一块，咱们首要介绍 TCR，也便是T Cell Receptor（T细胞受体）的测序。
各位都知道，在我国现在有超越800家企业投入了免疫研讨跟医治，而大部分的医院现在不管是实体瘤或血液瘤都做十分多的免疫医治。
所以怎么可以针对免疫医治相关的一些内在了解得更多，这是十分十分重要的。透过 T 细胞受体的测序，不管是血液样品或者是安排样品，咱们可以了解 T 细胞组库的一些消息。
关于肿瘤的免疫医治而言，这个消息可以协助咱们的研讨者更精确的猜测免疫应对，也便是这个免疫医治有用或无效。这个免疫应对是十分重要的。
一同呢，咱们可以评价可能发作的免疫相关不良事情，也便是要知道这个免疫医治的一些后续不良反应。关于 CAR T 细胞医治的进程而言，这个技能可以在整个出产环节的每一个阶段，对 T 细胞进行不断的评价，而优化咱们的进程。
Thermo Fisher 关于这样的研讨需求，也开发了一个商业化的 panel，针对全国际第一个拿到 FDA 的 oncomine 为根底，咱们开发了一个叫做 oncomine TCR Beta-LR Assay，专门针对这样的研讨。
咱们只需求50 ng -1 μg的外周血RNA，就可以展开这样的一个研讨。
咱们来看一下，这个 TCR Convergence 怎么样可以添加咱们测序的精确性。
关于 TCR 测序来说，测序的精确性，特别是 SNP 测序的精确性至关重要。那在这里呢，咱们说到的便是所谓的低碱基替代的过错率。
咱们来看一下这个左面的这张图，你可以看到 Clone 1、2、3，事实上在碱基的序列里是不相同的，至少你可以看到在三个当地，它是不同的碱基。
可是由于密码子简并性的存在，部分这些不同的碱基序列的 DNA 序列的 Clone，虽然在 DNA 层次上有序列的不同，可是在氨基酸层面上却是相同的，这也是咱们所谓的 TCR Convergence 这样的一个主意。
所以说咱们需求一个十分精确的所谓的低碱基替换过错率的测序技能渠道，来保证咱们不会有所谓的误解，咱们可以实在的反映每一个实在的 TCR 的序列。
一同，关于肿瘤而言，肿瘤的重生抗原所激活的 T 细胞也相同会发作这样的问题。也便是说在 DNA 序列是不同的，可是由于密码子简并性的存在，它得到了相同的一个氨基酸的序列。
所以相对只看氨基酸序列的免疫组和 Clone 的扩增，用咱们这样的 TCR Convergence 来评价一切 T 细胞组库的多样性，这个噪音更小，更可以实在反映 TCR 的真实的构成，因而可以用来优化免疫应对的标志物。
在免疫应对的研讨进程傍边，咱们知道许多公司都展开了 tumor mutation burden（肿瘤骤变负荷）这样的一个研讨，以此来进行免疫医治作用评价。
而 TCR Convergence，咱们说过它是一个更好的免疫应对猜测的符号物。为什么呢？这相关于 tumor mutation burden（肿瘤骤变负荷），咱们有以下的一些长处。
让咱们来看一下这个图，它至少存在三大优势。第一个呢，它可以检测出非同义骤变以外的变异带来的影响，也便是说患者本身的 DNA 序列改变之外的要素所形成的影响。
咱们看一下右边这张图，它包含了翻译后的润饰骤变，异位基因表达，RNA 层面剪切的缺点，自体抗原，以及外来的病毒等等，这些都会影响 T 细胞的激活，而这些消息都不可以在肿瘤骤变负荷这样的一个技能渠道里边可以看得到。
那别的两个比较大的优势，它是一个根据直接的试验成果而树立的免疫应对评价模型；最终便是，它可以完成液体的活检。
再来跟各位介绍一下加州大学旧金山分校的一个研讨，它的标题是《探究更优化的肿瘤免疫医治战略》。
这个研讨员运用 TCR evenness 和 TCR convergence 这两个 TCR 的多态性目标，挑选了22个承受了抗 CTLA-4单药医治癌症患者，并且依照有免疫应对跟无免疫应对这两种作用来做样本的分组。
可以看到，右边是这个研讨的成果。从这个成果来看，不管是灵敏度或者是特异性上，相较于独自运用 TCR evenness，或独自运用 TCR convergence，两个合在一同的目标更可以有用地提高关于免疫应对的预估作用。
各位可以看一下，右上角这个蓝色的曲线，是远远高于其他赤色跟绿色的曲线。这个研讨成果已经在2018年正式的宣布了。
谈完有关于免疫应对的部分，咱们再来谈谈免疫不良反应。T 细胞受体的多态性也可以用来猜测免疫医治所带来的相关不良反应。各位都知道免疫医治是一个新式的医治办法，所以有许多不良反应事实上是适当适当严峻的。
这是在2018年宣布的一个研讨。作者针对55个承受免疫医治且发生不良反应的患者，进行了 T 细胞受体的测序剖析，用的也是 Ion Torrent 渠道。一切的患者都是白人。
通过精准测序的成果，研讨人员可以获得每一个患者的 T 细胞受体 β链的单倍型消息。透过单倍型消息的序列剖析，可以把一切患者分红四组，各位看中心的这个图谱，可以看到很明显的1、2、3、4，四组。
作者发现，在这四组里边，可以看到第2组有20个不良反应都是在 Grade 1-2，也便是说细微的不良反应；而第1组有9个细微的，有4个严峻的；在3、4组，都表达了不同程度的严峻不良反应。
也便是说透过低 SMP 测序过错的精准测序渠道，可以把根据 T 细胞受体单倍型不同的患者施行分类，供给咱们在整个细胞医治的进程傍边，做一个很好的参阅。
最终咱们来介绍一下 Ion Torrent 高通量测序技能计划。
Ion Torrent 的高通量测序计划便是一个高 SMP 检测精确性很高的测序渠道。它可以供给单端现在最长600 base pair 的测序。这个功能可以很好的满意微生物16s 的剖析，以及免疫组库的剖析需求，并且咱们配套了许多商业试剂盒。
所以 Thermo Fisher 可以很好地协助研讨者展开整个微生物菌群的研讨，以及肿瘤免疫医治相关的免疫应对及不良反应的研讨，让作业更为快捷，更为精准。
一同，咱们也不断的移风易俗，持续供给许多林林总总的试验计划，来满意各位教师的需求，这是 Thermo Fisher 一向的主旨。
咱们不是一个供给仪器渠道的公司，咱们是供给全体处理计划，想客户所想，帮客户处理客户所要处理的问题。
这就回到了咱们整个公司的愿景：咱们携手咱们的客户，一同让这个国际 healthier（更健康），cleaner（更清洁） and safer（更安全）.
谢谢各位，谢谢。
（全文完毕）
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